これは、場合によりけりだなぁ。
なんか、ストーリーをまず考えて、で、そこにキャラを配置。
で、書き始めて、キャラクターがうまく動き出したら、ストーリーもなるべくキャラにあわせて動かしてあげる、とか、他にもそうじゃないこともあるけど、うーん、まあ、いろいろです。

ただ、絶対に意識するのは、
『こいつは、こんなことをするのか? この状況で、こいつはなにを考えるのか? 作者の都合じゃなく、一つの人格として、こいつはちゃんと生きているのか?』
ということは、大事にしています。
とか、あんまり参考にならないような答えでごめんねー